Царствование Алексея Михайловича и мятеж во Пскове
Царствование Алексея Михайловича было несколько отраднее для Псковичей. Сей Государь обеспечил их границу и торговлю подтверждением в 1646 году со Шведами Столбовского мира и отличил некоторыми преимуществами Псковское Духовенство. Но Псковичи сами впали в непростительную пред ним вину, заразясь мятежом от Московских и Новгородских бунтовщиков, которые в 1650 году рассеяли слух, будто бы Царский свояк Боярин Морозов согласился с иностранными купцами выпускать за границу деньги Российские и съестные припасы, отчего могли-де оскудеть Россияне. Мятеж сей, начавшийся еще в Москве, усмирен был там самим Царем, а в Новгороде Митрополитом Никоном, но Псковичи гораздо далее простерли свою дерзость. Они видели сами, что один купец их, Федор Емельянов, со Шведским поверенным Левином Нуммерсом по препоручению Псковского Окольничого Пушкина скупает для Швеции хлеб, и 12 Июля, пришедши в ярость, убили Окольничого, 10 человек помещиков и многих богатых людей, отняли у Нуммерса и хлеб, и везенные им из Москвы деньги и обругали его; а увещевавшего их Архиепископа своего Левкия засадили в темницу. В то же самое время пришло во Псков из Польши письмо, писанное от появившегося там нового самозванца Лжедимитрия, который объявлял себя Псковичам единственным законным наследником Российского Престола, увещевал народ упорно защищаться и обещал сам скоро прибыть к ним с сильным войском. Для бунтовщиков случай сей показался единственным к избежанию наказания. Все отреклись от повиновения Царю и решились предаться самозванцу, но другие, усумнившиеся в нем, предлагали лучше предаться или Польскому, или Шведскому Королю, так как намерены были то же сделать и бунтовавшие Новгородцы. Царь принужден был послать во Псков Боярина Князя Ивана Никитича Хованского с несколькими тысячами войск, а Псковичи не только заперлись от них в городе, но делали вылазки на лагери их, били многих, отбивали орудия и запасы, посылали даже и по Уездам разгонщиков для грабежа идущих к войску обозов. Царь назначил Воевод и в Уезды для защиты от мятежников и для подвозу припасов; притом, не желая проливать крови, прислал к ним с Коломенским Епископом Рафаилом и многими почетными Духовными особами свою и Патриаршую увещательную Грамоту, коими наконец преклонены они к раскаянию и повиновению и были прощены, кроме зачинщиков, но Архиепископ их Левкий вызван в Москву и неизвестно за что лишен Епархии. А убитых бунтовщиками повелено в память потомству и в укоризну мятежникам погребсти на площади и над могилою их поставить часовню, с надписью имен их, которые в следующем году Царским Указом велено было записать по городам в Синодики Соборные и Монастырские для всегдашнего поминовения и совершения памяти по них ежегодно 18 Июля. Часовня сия и надпись доныне существуют на площади.
В 1654 году по случаю неприязненных намерений со стороны Польши Государь начал готовиться к войне и разослал Бояр для набору войск. Во Псков прислал он для сего в Октябре Окольничего и Воеводу Семена Лукьяновича Стрешнева. Но в облегчение подданных своих в том же году отменил он все мелочные казенные сборы и ограничил некоторые важнейшие земские подати. Ибо Царствование Михаила Феодоровича стеснило и отяготило все внутренние торги, промыслы, ремесла и купли откупами и пошлинами. Везде по большим дорогам взыскиваемы были с мостовых, речных перевозов, с прохожих людей, с провозимых харчей и всяких мелких промыслов многочисленные Государевы пошлины откупщиками. Подражая сему, и помещики на своих землях и проселочных дорогах сами то же делали; а иные отдавали также на откуп сии пошлины даже с излишком пред казенными сборами. Царь Алексей Михайлович изданною 30 Апреля сего года Уставною Грамотою повелел уничтожить все такие сборы и откупы казенные и частные с промышленников и харчевых подвозов и продаж. Оставлен только весьма умеренный назначенный сбор с воскобоен, ледокольней, бань, соляных и рыбных промыслов, перевозов и мостов, а преступникам сего Устава обещана смертная казнь.
С Мая месяца того же года выступили со всех сторон Государевы войска в Польшу; а Псковской отряд под Диену, Друю, Озерище и Усвят, которые оный и взял. Вслед за сею войною началась другая со Шведами от Лифляндии по всей границе, и российские войска доходили до Риги, которой, однако ж, не взяли. Но в следующем 1656 году заключено с обоими Государствами перемирие. В 1659 году началась опять война с Польшею, продолжавшаяся до 1667 года, и на сей случай войско во Пскове обучали уже по Немецкой дисциплине; а в 1661 году при заключении мира со Швециею постановлен сверх того торговый договор, по коему Шведским купцам позволено иметь во Пскове открытую Церковь на своем дворе. Поелику же до сего времени Новгородцы и Псковичи продолжали еще сверх Иностранных и общих Российских денег торговать и своими собственными, то в 1663 году Государь отменил торги талерами, четвертями и Московскими медными деньгами, указав торговать общими Российскими серебряными, а собственные Новгородские и Псковские штемпели монет отобрал в Москву и упразднил у них монетные дворы. В 1667 году при издании Таможенного Устава Псков положен в числе пограничных Таможенных городов, и тогда же учреждены для сбора пошлин Псковские Таможни под Печерским Монастырем и на Желатском острову и выбраны из гостей и лучших торговых людей Таможенные Головы и Целовальники, сменявшиеся по очереди. Но в 1677 году повелено и со Псковских купцов за привозные чужестранные товары брать в Таможне, как с иностранцев, ефимками.